В конце XV века генуэзские купцы, под давлением турков, вынуждены были оставить свои крымские крепости и города. Вскоре Черное море стало практически “внутренним морем” Османской империи и турецкий султан запретил крымскому хану возводить крепости на полуострове, за исключением Перекопа.
   С воцарением на русском престоле Петра I ситуация изменилась. Петр серьезно взялся за возвращение утраченных территорий и устранение препятствий для выхода России в моря - Черное и Балтийское. В 1696 году Петр I, в результате устроенной им морской блокады, взял турецкую крепость Азов и вывел построенный русский флот в Азовском море. Через три года царь провел демонстрацию своих кораблей в Керченском проливе. Предлог Петр I выбрал важный: проводы посольского судна «Крепость» в Константинополь. Вся флотилия из десяти единиц, сопровождаемая множеством галер, казачьих «чаек» и прочих вариаций на судостроительные темы предстала августовским днем 1699 г. перед турецким гарнизоном Керчи. В июле 1700 г. в столице Турции было подписано перемирие; султан уступил России Азов, и Москва перестала платить дань Крымскому хану.

   В 1701 году, на западном берегу керченского пролива, турки приступили к возведению новой крепости, призванной воспрепятствовать русским кораблям попадать в Черное море. Место было выбрано удачно: на крутом берегу, напротив косы Чушка. Это место было весьма неудобно для проходящих мимо судов: из-за невозможности сделать маневр судно как бы “подставлялось” под огонь береговых батарей. Позицию надежно прикрывали мели и турецкие суда на проходимых участках, тылом ей служила крепость Тамань. Руководил строительством новой крепости итальянец Голоппо, принявший ислам. Основные работы были завершены уже к 1703 году. Вновь возведенные укрепления получили название Ени-Кале, что в переводе с татарского означает просто «Новая крепость».
   Здесь расположился главный штаб турецкой обороны причерноморья, а прежний командный пункт в Кафе (Феодосия) и «старая» крепость Керчь перешли в резерв.

   Крепость была выстроена в форме, близкой к неправильно трапеции. По периметру крепость охватывали высокие зубчатые стены. Со стороны суши, перед крепостными стенами был выкопан глубокий ров, а со стороны морского берега была вымощена площадка на сваях, по которой проходила дорога. Всего в крепость вели три дороги: одна – из Керчи вдоль моря, вторая – с северо-востока, от причалов Еникальского залива и переправы с Тамани, третья – со стороны Джанкоя. Еще один вход вел со стороны моря. Ворота усилены были башнями и площадками для войск.
   Гарнизон Еникале мог составлять до 2 тысяч человек, но обычно в крепости находилось порядка 1000 воинов. В основном это были турки, но частью служили и татарские добровольцы, вербовавшиеся из ближайших сел. Жалованье солдаты получали из султанской казны, жили в казармах внутри крепости, к их услугам содержались мечеть и баня. Гарнизонным начальником состоял паша в высоком чине визиря, он также жил в самой крепости, его покои располагались над «джанкойскими» воротами.

   В 1711 г. Петр I проиграл прутскую кампанию и, по договору с Портой, уничтожил Азовский флот и разрушил укрепления Азова. На полвека страсти улеглись, и еникальское крепостное начальство занималось, в основном, таможенными делами, т.к. новая крепость стала оживленным торговым центром.
   Во второй половине XVIII века, в середине правления Екатерины II, в Петербурге вновь взялись за решение черноморской проблемы. Естественным желанием России было владеть выходом в Черное море (вспомнили, что когда-то Черное море называли русским, а в Керченском проливе существовала колония Киевской Руси – Тмутаракань).

   Тем не менее, как бы упреждая события, войну, осенью 1768 года, объявил турецкий султан.
Первые два года сражения происходили далеко от Крыма: на Дунае и в Средиземном море. Развернутая против Крыма русская армия стояла без движения в Екатеринославле (Днепропетровск). Петербург ждал восстановления Азовского флота, судоверфи спускали корабли на воду ударными темпами, и в начале лета 1771 г. флот вышел в море. Крымская кампания началась...
   Войска под командованием князя В. М. Долгорукого двумя колоннами начали движение на Перекоп и Арабатскую косу. Азовская эскадра под флагом адмирала А. Н. Синявина, войдя в Генический залив, навела переправу, по которой корпус князя Щербатова достиг косы и взял штурмом крепость Арабат. Одновременно пал, взятый князем Долгоруким, Перекоп. Случилась названная победа в середине июня 1771 г. От Арабатской стрелки путь вел к Еникале.
   Комендант “Новой крепости” пытался организовать оборону вверенной ему территории. Гарнизон был подкреплен присланной из Стамбула флотилией и 12 000 солдат. 9 мелких судов были посланы к Арабату на разведку, но, увидев российский флот, они вернулись в Еникале и со всей флотилией отошли к Керчи, и, забрав местных жителей, ретировались в Черное море. Через 2 дня еникальский гарнизон, сев на купеческие суда, ушел в Синоп, а татары разошлись по своим селениям, оставив в крепости несколько жителей и артиллерию. 21 июня 1771 года, несколько оставшихся в городе армянских семей, встретили у ворот генерала Борзова и преподнесли ключи от крепости. В тот же день русские заняли Керчь.

   С 1774 года имя “Новой крепости” употребляют лишь в связке с Керчью, в русский лексикон вошло сочетание «Керчь-Еникале». Первоначально вновь полученные города были включены в Мариупольский уезд Азовской губернии, не имевшей с новыми территориями сухопутного сообщения. Но уже в 1775 году была создана отдельная Азовская губерния, куда и вошли все новые приобретения.
   Керчь и Еникале достались российским войскам практически безлюдными и вскоре началось заселение новых земель православными греками – выходцами с архипелагов Эгейского моря и войнами из, так называемого, Албанского войска, принимавшими участие в боевых действиях русского флота в период русско-турецкой войны. Грекам было обещано учреждение в Керчи и Еникале «свободного и вольного» порта, строительство домов и храмов в новых местах за счет казны, освобождение от уплаты налогов на 30 лет, право торговли во всех русских городах и портах и многое другое.
   Помимо греков в Еникале прибывали и переселенцы из Слободской Украины.
  “С 1776 года возле стен Еникале стали устраиваться ярмарки, на которые стекались купцы из Крыма, России, Кавказа.
   В 1783 году Екатерина II подписала “Указ о вхождении Крымского ханства в состав Российской империи”. Керчь и Еникале оказались в глубине России. Тогда же на мысе Ак-Бурун, замыкающем с юга керченский залив, начинается строительство Александровского и Павловского редутов, усиленных небольшой Павловской крепостью. Еникальская артиллерия отходит на второй план. После образования Таврической области, поселение под названием Керчь-Еникале получает статус города. Вскоре городской центр окончательно перемещается в Керчь, а Еникале приходит в упадок. В 1825 г. крепость Еникале была упразднена, и на её территории разместился военный госпиталь, а город постепенно превратился в небольшой поселок.
   В 1855 году Крепость Еникале последний раз приняла участие в войнах – ее батарея вела непродолжительный бой с англо-французским десантом в Керчи. Но силы были не равны и русским пришлось отступить.
   После Крымской войны Еникале окончательно превращается в дачный пригород Керчи. В 1880-х годах госпиталь закрыли и крепость была окончательно заброшена.